Jommeke en Flip moeten van Marie de zolder opruimen. Terwijl ze allerlei rommel naar beneden gooien, krijgen Teofiel en Marie telkens van alles op hun hoofd. Tussen de oude spullen vindt Jommeke een opgezette schildpad. Wanneer ze die weggooien, ontdekken ze in zijn buik een oud testament van zeerover Matthias Donderwater uit 1753. Daarin staat dat hij een schat heeft verstopt op het Schildpaddenkerkhof, bedoeld voor armen, zieken, weduwen en wezen. Door puur toeval komt ook Anatool dit te weten. Jommeke en Flip besluiten de schat te gaan zoeken. Filiberke, Pekkie en de Miekes sluiten zich meteen aan. Ze vermoeden dat het Schildpaddenkerkhof op de Galápagoseilanden ligt. Omdat de reis veel te duur is, sluipen ze als verstekelingen aan boord van het schip Neptunus, dat naar Ecuador vaart. Anatool volgt hen door zich als hulpknecht op het schip aan te bieden. Hij ontdekt hun schuilplaats wanneer hij Pekkie, die op zoek is naar eten, betrapt. Omdat hij de exacte locatie van de schat niet kent, besluit hij hen voorlopig anoniem te helpen. Wanneer Jommeke en zijn vrienden met een motorbootje naar de eilanden varen, merken ze dat Anatool hen achtervolgt. Jommeke herkent hem nog van een vorig avontuur, maar zijn vrienden kennen hem niet. Jommeke bereikt het eiland als eerste. Ze graven een put en lokken Anatool ernaartoe door Pekkie en Flip te verkleden als sprekende reuzenschildpad. Maar net op die plek blijkt de schat begraven te liggen, waardoor Anatool hem toch ontdekt. Dankzij hun list slagen Jommeke en zijn vrienden er uiteindelijk in de schat te bemachtigen. Anatool ontsnapt en achtervolgt hen met zijn boot. Hij komt heel dicht bij het stelen van de schat, maar zijn poging mislukt. Voor de terugreis verstoppen Jommeke en zijn vrienden zich met de schat in een kist die aan boord van de Neptunus wordt geladen. Pas bij het lossen ontdekt Anatool de kist. Hij laat ze naar een afgelegen schuur brengen, maar wordt opnieuw door Jommeke en zijn vrienden overmeesterd. Terug thuis toont Jommeke de schat aan zijn ouders. Marie mag een gouden halsketting houden, maar de rest wordt — zoals Donderwater het wilde — verdeeld onder ouderlingen, wezen en andersvaliden. De burgemeester en de hele dorpsgemeenschap eren Jommeke voor zijn goede daad. En na de huldiging? Dan gaan Jommeke en Flip gewoon weer verder ... de zolder opruimen.
