Wanneer Jommeke en Flip moeten schuilen voor een regenbui, duiken ze het Museum van Oudheden binnen. Flip jaagt Jommeke eerst de stuipen op het lijf, maar al snel gaat hun aandacht naar een mysterieuze mummie: die van de Zonneprins. Die nacht krijgt Jommeke een angstige droom waarin de mummie aan zijn venster verschijnt en naar hem wijst. ’s Ochtends leest Teofiel in de krant dat de mummie verdwenen is. Kort daarop staat professor Gobelijn aan de deur. Hij wil de mummie terugvinden, want ze is van onschatbare waarde. Hij wil naar Egypte reizen en vraagt Jommeke mee, maar die weigert door zijn nachtmerrie. Wanneer de Miekes besluiten de professor te helpen, gaat Jommeke toch overstag. Ook Filiberke en Pekkie sluiten zich aan. In Egypte willen ze in het graf van de Zonneprins aanwijzingen zoeken — volgens de legende bewaart de mummie bovendien een groot geheim. Met kamelen trekken ze door de woestijn. Een onbekende man hoort van hun plannen en volgt hen. Elke ochtend vinden ze een briefje dat hen waarschuwt om terug te keren, maar ze zetten door. Ze bereiken het graf, ooit ontdekt door archeoloog Sigar Eth. Het is uitgehouwen in de rotsen en volledig leeggehaald. In de tombe vinden ze hiëroglyfen en een kist waarop altijd zonlicht valt. Terwijl Jommeke zich verstopt om een grap uit te halen, ontdekken de anderen dat de mummie terug in haar graf ligt. Dan vindt Annemieke een mummie met ... het hoofd van Jommeke. De vrienden denken dat hij gestorven is en begraven hem. De volgende dag duikt Jommeke echter levend op: de mummie met zijn hoofd was namaak. Hij werd ontvoerd om hen bang te maken en weg te jagen. De vrienden vermoeden dat een geheim genootschap de verering van de Zonneprins wil herstellen. Ze besluiten de mummie mee te nemen en te vluchten. Maar al snel worden ze achtervolgd door twee mannen: Poef‑Sig‑Aar en Suik‑Er‑Stek. Om hen te misleiden maken ze een valse mummie van palmbladeren en een stuk verband van de echte mummie. Bij het afrollen ontdekt Gobelijn een papyrusrol die het geheim onthult: de buik van de mummie zit vol zonnestenen, zodat de zon altijd bij de Zonneprins zou zijn. Bij een oase verstoppen ze de mummie in een holle boomstam. Maar wanneer ze die willen ophalen, blijkt de stam naar een zagerij gebracht te zijn. Ze vinden de mummie terug, maar die is half doorgezaagd — waardoor de zonnestenen tevoorschijn komen. Het blijken duizenden briljanten te zijn. Kort daarna worden ze gevangengenomen door de twee Egyptenaren, die hen naar hun leider Nam‑Nam‑Atchie brengen. Daar blijkt dat de Zonneprinsvereerders geen boeven zijn, maar eerlijke woestijnbewoners die de herinnering aan hun prins willen eren. Ze wilden de geroofde mummie gewoon terughalen. Gobelijn schenkt hen de zonnestenen zodat ze die kunnen gebruiken voor armen, zieken en wezen. Uit dank krijgt hij de mummie terug. En zo keert de zonnemummie veilig terug naar het museum.
