De president van Groot‑Amerika wil een uiterst belangrijk document naar de Turkse stad Istanboel sturen. Het stuk is van groot belang voor de wereldvrede, maar overal loeren vijandelijke spionnen die het willen onderscheppen. Via zijn secretaris — een fervent lezer van Jommeke‑albums — komt de president in contact met Jommeke. Hij roept Jommeke en Flip op om de geheime opdracht uit te voeren. Geen enkele spion zal immers een kind verdenken. Door een fout van de secretaris raken de spionnen toch op de hoogte van het feit dat iemand van de regering op het vliegtuig naar Istanboel zit. Jommeke en Flip besluiten toch te vertrekken. Voor hij instapt, stuurt Jommeke een postpakket met zijn pyjama naar Filiberke. Onderweg kapen twee spionnen, Azof en Zorki, het vliegtuig. Ze dwingen de piloten in Afrika te landen, maar vinden niets bij de passagiers of in de bagage. Ze vliegen verder richting Turkije, maar moeten een noodlanding maken in Griekenland. De spionnen weten te ontsnappen — en Jommeke glipt ook weg. Wanneer de spionnen dat ontdekken, beseffen ze dat Jommeke de geheime boodschap moet dragen. Er volgt een lange achtervolging door Griekenland en later door Istanboel. Jommeke en Flip weten telkens te ontsnappen, tot de spionnen hem uiteindelijk in een moskee in het nauw drijven. Jommeke geeft zijn tas af, waarna de spionnen hem laten gaan. Maar de boodschap in de tas blijkt vals. De echte boodschap heeft Jommeke al vanuit Groot‑Amerika verstuurd — samen met zijn pyjama — naar Filiberke. Die is intussen veilig in Istanboel aangekomen. Samen brengen ze het document naar de juiste bestemmeling, waardoor de vijandelijke plannen tegen de vrede worden verijdeld. De geheime opdracht is geslaagd.
