Jommeke en Filiberke zoeken hun voetbal tussen het schroot van de schroothandelaar. Tussen de rommel vinden ze een verdacht pak dat door twee opgejaagde boeven verstopt werd. Ze willen het naar de politie brengen, maar door een toevallige omweg belanden ze bij professor Gobelijn. Die ontdekt dat het pak een atoommotor bevat. De machine is niet volledig, maar Gobelijn maakt ze af. Ze installeren de motor in een oude bieton — en zo ontstaat de vliegende ton. Met de ton zoeven Jommeke en zijn vrienden door de lucht. Ze halen allerlei grappen uit met toevallige voorbijgangers, zoals de veldwachter en de brouwer. Teofiel en Marie verbieden het vliegen, maar de kinderen trekken zich daar weinig van aan. Ze besluiten met de ton naar Schotland te vliegen om Mic Mac Jampudding en Arabella te bezoeken. Onderweg worden ze opgemerkt door het leger en de pers. De boeven die de motor verloren, Neus en Kinnebak, komen zo opnieuw op hun spoor. In Schotland laten Jampudding en Arabella zich overhalen om mee te vliegen. Maar tijdens de vlucht stort de ton neer in zee. Dankzij Arabella’s paraplu landen ze veilig en overleven ze enkele benarde momenten. Ze zitten wel afgesneden van de buitenwereld. In het kasteel blijven de vrienden ongerust achter en sturen een telegram naar Gobelijn. Door de telegramdiensten verspreidt het nieuws zich razendsnel: de vliegende ton is vermist. Legers van verschillende landen beginnen in Schotland te zoeken. Ook de boeven én een mysterieuze man trekken naar daar. Gobelijn kan via een satelliet de ton opsporen. Na wat verstrooide momenten stuurt hij de brief met de preciese locatie van de ton naar Schotland. Ook staat er een instructie bij: een blauwe knop kan de motor opnieuw starten. Filiberke besluit hen te zoeken met een zelfgemaakte ballon. Hij bereikt hen net wanneer de boeven en de legers de ton ook vinden. De boeven zijn er bijna mee vandoor, maar opnieuw redt Arabella’s paraplu de situatie. Jommeke vindt de blauwe knop, de ton stijgt weer op en de boeven worden door het leger ingerekend. Op weg naar het kasteel van Jampudding pikken ze nog een man op: professor Denkekop, de uitvinder van de atoommotor. Na een feestmaal vertrekt het gezelschap huiswaarts.
